SD500年，人类因为地球自然资源枯竭，人口膨胀，环境污染等问题而濒临灭亡的边缘。作为应对之策，人类开始在距离地球两万光年的人工惑星建立幼年育英都市，让新生儿与社会隔离进行特殊教育，在儿童十四岁的觉醒之日接受成人检查，合格者才可被送回地球。但是，如果在成人检查中没有合格，就会被判别成社会异端份子而被抹杀。这类异端份子被称为“ミュウ”，长期的压迫让“ミュウ”形成了一个组织，他们的首领路嘉在经历了三个世纪沧桑之后意识到自己的生命之火即将燃尽，于是他选择了故事的主角吉米来继承“ミュウ”组织。