为了得到从伽帕尼姆矿石采收的超级能源・光子力，企图征服世界的地狱博士开始攻击该光子力研究所。真魔神冲击主人公兜甲儿搭乘超级机器人・魔神Z与其展开战斗。地狱博士的部下阿修罗男爵、伯罗肯伯爵操控从巴多斯岛挖掘出来的机械兽挡在了甲儿的面前，甲儿搭乘祖父・十蔵制作的用最强金属・超合金Z制作的魔神Z一同投身激战中。然而，这个战争隐藏着的是兜一族和Dr.赫鲁的过去因缘、米克内文明・巴多斯岛之谜和魔神Z的秘密，谜团交错的故事即将拉开序幕