在未来，世界各地不断的发生天灾异变，在调查原因时人类在太平洋海沟底部发现了一个神秘的遗迹「オルファン(Orphan)」，让人惊讶的是它是一台有意识的宇宙船。为了能够移动到宇宙航行，オルファン不断地吸收地球的生命能源。而有一群人将オルファン视为救世主，组成名为「リクレイマー(Recramer)」的组织帮助オルファン获得足够的力量以便浮出水面航向宇宙。但是那时地球上所有生命能量也会被吸收殆尽，引起史无前例的超级巨浪吞没地球上的所有生物。为阻止人类灭亡的命运，联合国方面建造了一艘战斗专用母舰「ノヴィス．ノア(Novice Noah)」与オルファン上的人展开战斗……