「纯白交响曲」与大部分Galgame同样有着一个以学园为舞台的故事背景，就读于私立各务台学园的男主角瓜生新吾，是一个为人着想并爱操心别人事情的平凡高中二年级生，因为私立各务台学园将于明年四月和名门女校结姬女子学园预定合并，所以在合并前期，瓜生新吾将和数十名各务台学园的学生被选为试验性地前往结姬女子学园上学。虽然在结姬女子学园等待新吾的是多个拥有不同个性的少女们，但本身习惯于女校生活的她们却显得对男生有拒绝的反应……