动画讲述的是被仅有女性的外星人侵略后，日本少女的青春物语。由于外星科学技术的进步，过去存在的男性已经灭绝了，而地球人和生物学上近似种群的混血成为可能。1995年，离岛、神隐岛全部800多余名岛民一夜之间全部神秘消失，只留下一个丧失记忆的少女。四年后，16岁少女玛丽离开了祖母进入私立寄宿制女子高中——海凰学园，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。她在学校里是人人憧憬的学校干部，可是在玛丽的碰触下荻乃却突然暴走……